细菌栓子是栓子的一种。当细菌侵入机体血循环，便可侵犯器官组织，当被侵犯组织坏死脱落时，可随着血流漂浮，这些坏死组织几乎都含有细菌，所以能带着细菌播散。
栓子（坏死组织+细菌）的大小不同而堵塞不同的血管，造成栓子栓塞，从而引起一系列临床症状。被堵塞血管局部组织发生缺血坏死，且更加容易并发感染。
常见的细菌栓子发生于细菌性心内膜炎的患者。