限制酶

限制酶（Restriction Enzymes）全称限制性核酸内切酶

细菌反击

细菌容易被噬菌体感染，如已经在每月推荐分子中看到的phix174噬菌体。许多细菌用切割外来DNA的方法进行自我保护，如切割感染性噬菌体的DNA。这些细菌产生一种能切割DNA的核酸内切酶，一旦发现外来DNA便将其切割，因此它们有效地限制了噬菌体对细菌的感染，故这种核酸内切酶被称为限制酶。

分子剪刀

每种限制酶特异识别专一DNA序列，并在切割位点将其准确切割。例如，EcoR1切割GAATTC序列，切割位点在G与A之间。细菌将自身的DNA甲基化修饰，防止了被自身核酸内切酶降解。这些甲基化基团被装到DNA大沟的腺嘌呤或胞嘧啶上（依细菌种类而定），使限制酶不能与DNA序列结合，但又不影响这些DNA序列上遗传信息的正常识别与表达。噬菌体DNA没有这些保护性的甲基化基团，所以会被降解。每种细菌都有一种或几种用来切割特异DNA序列的限制酶，还有与限制酶配对的甲基转移酶，用来防止限制酶降解细菌基因中的相应序列。