隐性菌血症是指血液中有细菌存在，但儿童身体任何部位无明显的感染现象，也无不适。
在1个月～2岁的婴幼儿中，有4％的发热是由隐性菌血症引起的。在隐性菌血症中，超过75％的病例是由肺炎球菌引起的。有时儿童会有轻微的呼吸道感染或咽痛，但通常只有发热这一种症状（通常温度为38.5℃或稍高）。诊断的唯一方法是通过血培养发现血样中的细菌。常规的检验如白细胞计数，可以协助诊断是否有细菌感染。