大多数儿童的肠胃道疾病会引起腹痛。很多疾病如腹部疾病和乳糖不耐受综合征（见消化吸收不良综合征），也会引起营养不良和腹泻。
腹痛也许会突然发作并且很严重，如同患了急性阑尾炎；也许不太严重，且突然发生，很快消失。肠胃道疾病中，有发作性腹痛典型症状的包括：复发性腹痛、消化性溃疡和梅克耳憩室。