病原体(pathogen)是能引起疾病或传播疾病的媒介的总称。包括病毒、细菌、寄生虫等, 当中主要是细菌。
病原体中微生物占绝大多数，包括病毒、衣原体、立克次体、支原体、细菌、螺旋体和真菌；寄生虫主要有原虫和嚅虫。病原体属于寄生性生物，所寄生的自然宿主为动植物和人。