新的 Omicron 亚变体 BA.2.86：免疫逃逸大师，但尚未接管

在最近发布到 medRxiv预印本*服务器上的一项研究中，研究人员分离了 BA.2.86，一种新的严重急性呼吸综合征冠状病毒 2 (SARS-CoV-2) Omicron 亚变体，并评估了其免疫逃避和复制特性。

背景

BA.2.86 是 Omicron BA.2 子变体的衍生版本。这种新型 SARS-CoV-2 变异体与 2022 年初在南非收集的 BA.2 基因组具有刺突 (S) 蛋白取代 S939F 和同义突变 C26681T。然而，C9866T 突变通常存在于从以下样本采集的大多数 BA.2 序列中。在南非以外的地区，BA.2.86 中没有。

相对于 BA.2 和最近流行的 SARS-CoV-2 XBB.1.5 变体，BA.2.86 的 S 蛋白包含 30 个额外突变。Omicron BA.2.86 的出现令人担忧，因为许多新突变允许先前感染和疫苗接种诱导的中和抗体(nAb)逃脱。

全球基因组监测系统最初于 2023 年 7 月检测到 Omicron BA.2.86。然而，目前尚不清楚 BA.2.86 最初出现并开始传播的时间，因为自 2019 年冠状病毒病 (COVID-19) 大流行开始以来，监测工作已显着减少。

关于该研究

研究人员从 BA.2.86 拭子样本中提取病毒核糖核酸 (RNA)，以制备全基因组测序 (WGS) 文库，并使用 Qubit 双链 DNA (dsDNA) 高灵敏度检测对文库进行定量。片段大小分析后，文库被汇集、标准化并加载到 Illumina NextSeq 1000/2000 仪器上，以生成用于 WGS 分析的基因组序列。

Nextclade 和 Pangolin 版本 2.14.1 和 4.3 分别用于进化枝和谱系分配。Nextclade 还用于可视化序列并检测移码突变。还进行了牛津纳米孔测序。

使用来自接种疫苗的个体、具有 Omicron 亚变体突破性感染的个体和仅感染 Omicron 亚变体的个体的血清，将 BA.2.86 的中和与 XBB.1.5 的中和进行比较。然后，研究人员确定 BA.2.86 相对于早期的 SARS-CoV-2 毒株是否进化为逃避中和免疫。

为了测量 Omicron BA.2.86 的细胞传播，使用 Vero-TMPRSS 细胞中的活病毒病灶形成测定来确定单个细胞感染形成感染细胞簇的细胞数量。还测定了细胞病变效应（CPE）和病毒复制。

还使用全球流感数据共享倡议 (GISAID) 数据库中存储的数据对 2021 年 11 月至 2022 年 6 月期间收集的 BA.2 序列进行系统发育分析，并与 Wuu-Hu-1 成对比对。IQ-tree 2 用于构建系统发育树。

研究结果

与XBB.1.5相比，BA.2.86没有表现出显着的免疫逃避能力。然而，BA.2.86 相对于祖先 SARS-CoV-2 毒株的免疫逃逸是 BA.1 的五倍。此外，当针对 BA.1 感染者的血清进行测试时，BA.2.86 表现出 14 倍的逃逸能力；然而，XBB.1.5 表现出类似的 12 倍逃逸。

感染后 20 小时，XBB.1.5 和 BA.2.86 产生的感染灶比 SARS-CoV-2 祖先株小 4.5 倍和 5 倍。72 小时时，与祖先 SARS-CoV-2 感染细胞相比，在 BA.2.86 和 XBB.1.5 感染细胞中观察到 CPE 降低。

BA.2.86 似乎是 SARS-CoV-2 Omicron 亚系 BA.1/BA.2 的后代，它们是 2021 年初的主要流行毒株。尽管有这种广泛的进化轨迹，BA.2.86 并没有在人群水平上广泛传播，这可能表明 BA.2.86 最初是在免疫抑制个体中进化的。

TreeTime 的分子钟分析表明 BA.2.86 可能从 2023 年 5 月开始传播。自本研究发表以来，研究人员已将分离的 Omicron BA.2.86 序列及其相关元数据存放在 GISAID 中。