不可成药
不可成药(Undruggable)是一个历史上用于描述某些致病蛋白或生物靶点的药学术语,指这些靶点由于缺乏适合小分子药物结合的深邃口袋(Pocket),或位于细胞内导致抗体药物无法触达,从而无法通过传统药物发现手段进行干预。经典的“不可成药”靶点通常具有表面平滑、缺乏酶活性位点、或主要通过广泛的蛋白-蛋白相互作用 (PPI) 发挥功能等特征。历史上,KRAS、MYC、TP53 和大多数转录因子长期被列入此黑名单。然而,随着PROTAC(蛋白降解)、分子胶、共价抑制剂以及RNA疗法(siRNA/ASO)等新技术的爆发,这一概念正在迅速瓦解,越来越多的“不可成药”靶点正转变为“难成药”(Difficult-to-drug)甚至“可成药”(Druggable)。
分子壁垒:为何它们曾是“禁区”?
传统小分子药物(Small Molecules)的设计高度依赖于“锁钥模型”,即药物(钥匙)必须插入蛋白表面的深口袋(锁)。“不可成药”靶点通常缺乏这一特征。
- 表面平滑 (Featureless Surface):
许多致癌蛋白(如 KRAS)虽然有 GTP 结合口袋,但该口袋与 GTP 亲和力极高(皮摩尔级),药物难以竞争。且其表面缺乏其他可供小分子结合的疏水深坑,被形容为“像台球一样光滑”。 - 蛋白-蛋白相互作用 (PPIs):
转录因子(如 MYC/MAX)通过巨大的接触面结合。这些接触面通常平坦、面积大且分散,小分子药物很难在不违反里宾斯基五规则(分子量<500等)的前提下有效阻断这种宽阔的结合面。 - 无内在无序蛋白 (IDPs):
某些蛋白(如 TP53 的某些区域)在缺乏结合伴侣时没有固定的三维结构,时刻处于动态变化中,导致基于结构的药物设计(SBDD)无从下手。 - 细胞内定位:
这限制了单克隆抗体的使用,因为抗体分子量太大(~150 kDa),无法穿透细胞膜进入胞内。
历史名录:最难攻克的“通缉犯”
有些靶点因其在癌症中的核心地位而极具吸引力,但因开发难度极大而被称为“研发坟场”。
| 靶点 | 功能与挑战 | 攻克现状 |
|---|---|---|
| KRAS | GTP 亲和力极高,表面平滑。曾被认为绝对不可成药。 | 已攻克(部分)。 利用 Switch-II口袋 和 共价抑制剂(针对 G12C),以及 分子胶(针对 G12D/泛 RAS)。 |
| MYC | 无序结构的转录因子,必须与 MAX 结合。缺乏结合口袋。 | 极难。 目前主要策略包括 Omomyc(显性负性多肽)和降解剂(PROTAC),尚无获批小分子。 |
| TP53 | 抑癌基因。难点在于如何“恢复”突变蛋白的功能(复活),而非抑制它。 | 挑战中。 小分子复活剂(如 APR-246)正在临床试验中,旨在稳定突变型 p53 的构象。 |
| 磷酸酶 (Phosphatases) | 如 PTP1B、SHP2。活性中心带极强电荷,导致药物难以穿透细胞膜。 | 已突破。 发现了 SHP2 的变构位点(而非活性位点),开发出变构抑制剂(如 TNO155)。 |
技术革命:把“不可能”变成“可能”
近十年来,四大技术支柱彻底改变了药物发现的逻辑,不再局限于“占位驱动”(Occupancy-driven),转向“事件驱动”(Event-driven)。
- 靶向蛋白降解 (TPD):
PROTAC (蛋白水解靶向嵌合体): 不需要药物紧密结合活性位点,只需在蛋白表面任何位置挂住,并招募 E3 连接酶,即可将靶点送去降解。
分子胶 (Molecular Glues): 如 沙利度胺 类衍生物和 RMC-6236。诱导 E3 连接酶与“不可成药”靶点之间发生非自然的相互作用。 - 共价抑制剂 (Covalent Inhibitors):
利用蛋白表面的特定残基(主要是半胱氨酸)形成永久性化学键。这使得药物即使亲和力不高也能强效结合。KRAS G12C 抑制剂(索托拉西布)是该策略的巅峰之作。 - 变构抑制剂 (Allosteric Inhibitors):
避开难以结合的活性口袋,寻找蛋白上的“后门”(变构位点)。例如 SHP2抑制剂 和 阿西米尼(结合 ABL1 肉豆蔻酰口袋)。 - 新模态药物 (New Modalities):
siRNA/ASO: 绕过蛋白结构,直接在 mRNA 水平阻断蛋白生成。
多肽药物/大环分子: 具有较大的表面积,适合阻断宽阔的 PPI 界面。
关键关联概念
- 里宾斯基五规则 (Rule of 5): 传统判断小分子是否成药的黄金法则,现常被突破。
- PROTAC: 降解“不可成药”蛋白的神器。
- Switch-II口袋: KRAS 上被发现的隐蔽结合位点。
- IDP (无序蛋白): 结构生物学的噩梦,药物设计的难点。
- PPI (蛋白相互作用): 许多转录因子的主要功能模式。
学术参考文献与权威点评
[1] Hopkins AL, Groom CR. (2002). The druggable genome. Nature Reviews Drug Discovery.
[学术点评]:概念基石。这篇经典综述首次估算了人类基因组中“可成药”靶点的数量(约 3,000 个),并定义了什么样的蛋白结构适合小分子结合,奠定了“Druggability”的理论基础。
[2] Verdine GL, Walensky LD. (2007). The challenge of drugging undruggable targets in cancer: lessons from p53. Clinical Cancer Research.
[学术点评]:挑战分析。深入探讨了 TP53 等转录因子难以成药的结构原因(PPI 界面巨大),并前瞻性地提出了大环肽和烃基钉肽(Stapled Peptides)作为解决方案。
[3] Lai AC, Crews CM. (2017). Induced protein degradation: an emerging drug discovery paradigm. Nature Reviews Drug Discovery.
[学术点评]:PROTAC 革命。Craig Crews 教授(PROTAC 先驱)系统阐述了蛋白降解技术如何通过“事件驱动”模式,将因为没有活性口袋而被视为垃圾的“不可成药”蛋白转化为可降解靶点。
[4] Ostrem JM, Shokat KM, et al. (2013). K-Ras(G12C) inhibitors allosterically control GTP affinity and effector interactions. Nature.
[学术点评]:破冰时刻。Kevan Shokat 团队不仅发现了 KRAS 的 Switch-II口袋,更证明了不可成药靶点可以通过共价化学和变构调节被攻克,这一发现直接催生了索托拉西布。